Д.А. Клеменец отмечал, что "карагасы говорят тюркским языком, но у них сохранились еще слова какого-то древнего языка, вероятно из какого-нибудь самоедского наречия, обличающее их нетюркское происхождение. Олень, например, у сибирских тюрков енисейской губернии называется ак-ких - белая коза. Для них олень не домашнее животное, а дикое. Карагас, знавший оленя с незапамятных времен, называл его нетюркским словом - эби. У енисейских тюрков (качинцев, бельтир, сагаев, кизыльцев, койбалов) не осталось следов поклонения медведю, карагасы до сих пор, убив медведя, хоронят с почестями его голову. У всех тюрков медведь называется - аба, у карагасов - ирезэ".

В. Радлов считал, что тофы находятся в близком родстве с сойотами или якутами. 

Н. Козьмин считал тофов чистыми тюрками. 

Л.Н. Гумилев относил их к южносибирским лесным народам.

Н. Катанов и Н. Аристов приняли тофов за представителей одного с урянхайцами племени. Во-первых, потому что оба эти племени называют себя одинаково – туба, а во-вторых, потому что наречия их очень схожи. Считается, что карагасы обособились от северо-восточных тувинцев-тоджинцев после 1757 года, когда с падением Джунгарии Тува была покорена маньчжурской (дайцинской) династией Китая. Тогда значительная часть их осталась на территории русского государства, на своих кочевьях в Восточных Саянах, где они были известны под названием карагасы. Родственная и длительная культурно-историческая связь тувинцев-тоджинцев и карагасов оказалась разорванной почти на два столетия. Один из родов (Чептей) Катанов относил к выходцам из Монголии.

Профессор Б.Э. Петри в свою очередь подтвердил наличие в языке карагас тюрко-татарского и самоедского языков.

Однако все ученые почти единодушно считали, что карагасы - это осколок некогда существовавшего большого народа и когда-то занимавшего огромную территорию - от верховьев Енисея до Тунки.

В середине XX века новые гипотезы
С.И. Вайнштейн, М.Г. Левин и Ю.Г. Рычков на основе антропологических и этнографических данных высказали предположение о близости тувинцев-тоджинцев, тофов и западных эвенков, объединенных одним катангским типом байкальской расы. 

О близком родстве саянских народов также свидетельствовал Б.О. Долгих, проведя исследования по фиксации сбора ясака среди народов Сибири. Он подчеркивает, что в XVII веке карагасы не представляли какого-либо единства. Они образовывали самостоятельные роды, один из которых (Югдинский) вошел даже в состав тувинцев-тоджинцев. 

В.И. Рассадин, изучая язык тофов, наметил основные этапы его исторического развития. Он считает, что первоначальным ядром предков тофов являлись какие-то кетоязычные роды, перенявшие язык древних тюрков. Позднее к ним примкнули самоедоязычные. Тюркский язык у них очевидно сложился до XIII века, возможно, в VI – VIII веках, во времена тюркского каганата при господстве тюрков-тукюэ. Затем тофы попали под влияние уйгурского каганата, государства кыргызов, монгольской империи. А в XVII веке русские застали тофов данниками западно-бурятских князцов. С XVII века тофаларский язык испытывает мощное влияние русского языка. Кроме того, В.И. Рассадиным и В.М. Неделяевым в языке тофов были обнаружены целые пласты лексических заимствований из древнего и современного монгольского языка, тунгусских языков, а так же какие-то древние рудименты более древних языков, следов которых не обнаружено в говорах других народов Центральной и Северной Азии.

Группа исследователей Э. Львова, И. Октябрьская, А. Сагалаева и М. Усманова как бы подводят черту под предположениями исследователей первой половины XX века: «Тюркоязычные народы Южной Сибири: алтайцы, хакасы, тувинцы, шорцы и тофалары составляют коренное население Саяно-Алтайской историко-этнографической области. Эти народы близки по происхождению, культуре и этнической истории, их языки входят в восточно-хуннскую ветвь тюркских языков…» 

Также существует версия, что тофалары, тувинцы-тоджинцы, окинские сойоты и монгольские цаатаны (духа) являются осколками некогда единого реликтового саянского этноса, основой хозяйства которого была охота и оленеводство.